令人感到十分讽刺的是，假面骑士灭亡迅雷再次成为了人类的敌人。 哉亚日本公司发生了大规模爆炸事件，而罪魁祸首竟然是灭亡迅雷站？面对新闻发布会上记者的质问，刃唯阿表示暂不做任何回应。上级也在不断施压，假面骑士巴尔坎（不破谏）与假面骑士瓦尔基里（刃唯阿）不得不做出抉择。 理解人类和修码吉亚两方立场的不破谏与刃唯阿，都有各自的坚持，是为了守护所有生命而战？还是为了自己的规则而战？ 他们与假面骑士灭亡迅雷之间的战斗究竟结果如何——！？
假面骑士01外传 假面骑士巴尔坎 瓦尔基里的剧情介绍 
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